Video: Tệp chỉ mục BAM là gì?
2024 Tác giả: Lynn Donovan | [email protected]. Sửa đổi lần cuối: 2023-12-15 23:55
MỘT Tệp BAM (. bam ) là phiên bản nhị phân của SAM tập tin . A SAM tập tin (. sam) là một văn bản được phân cách bằng tab tập tin chứa dữ liệu căn chỉnh trình tự. Lập chỉ mục : IGV yêu cầu cả SAM và Tệp BAM được sắp xếp theo vị trí và lập chỉ mục , và đó là tập tin chỉ mục tuân theo một quy ước đặt tên cụ thể.
Tương tự như vậy, mọi người hỏi, làm cách nào để mở tệp BAM?
Từ Tập tin menu chọn Mở ra và chọn Tệp BAM từ phía bên trái. Chọn nút ở bên phải có nội dung Thêm Tệp BAM . Điều hướng đến BAM Thử nghiệm Các tập tin thư mục bạn đã tải xuống chọn with_index_with_graph. Nhấp chuột Mở ra , chọn mapt.
Thứ hai, làm cách nào để chuyển đổi tệp BAM sang Fastq? Dưới đây là các bước để chuyển đổi tệp BAM sang định dạng FASTQ. Điều này sẽ hoạt động trên Linux và sẽ yêu cầu SAMTOOLS và BEDTOOLS
- Tải xuống SAMTOOLS.
- Giải nén bằng Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Nó sẽ tạo một thư mục có tên là samtools-version.
- Di chuyển đến thư mục cd samtools-version.
Tương tự, làm cách nào để chuyển đổi tệp BAM thành tệp SAM?
Đến chuyển đổi SAM đến BAM , chúng tôi sử dụng lệnh xem samtools. Chúng tôi phải xác định rằng thông tin đầu vào của chúng tôi là Định dạng SAM (theo mặc định nó mong đợi BAM ) bằng cách sử dụng tùy chọn -S. Chúng tôi cũng phải nói rằng chúng tôi muốn đầu ra là BAM (theo mặc định nó tạo ra BAM ) với tùy chọn -b.
Chế độ xem Samtools làm gì?
Samtools là một tập hợp các tiện ích thao tác căn chỉnh ở định dạng BAM. Nó nhập và xuất sang định dạng SAM (Căn chỉnh trình tự / Bản đồ), làm sắp xếp, hợp nhất và lập chỉ mục, đồng thời cho phép nhanh chóng truy xuất các lần đọc ở bất kỳ khu vực nào. Samtools được thiết kế để hoạt động trên một luồng.
Đề xuất:
Sự khác biệt giữa chỉ mục nhóm và chỉ mục không hợp nhất trong SQL Server là gì?
Các chỉ mục được phân cụm được lưu trữ vật lý trên bảng. Điều này có nghĩa là chúng là nhanh nhất và bạn chỉ có thể có một chỉ mục nhóm cho mỗi bảng. Các chỉ mục không phân cụm được lưu trữ riêng biệt và bạn có thể có bao nhiêu tùy ý. Tùy chọn tốt nhất là đặt chỉ mục nhóm của bạn trên cột duy nhất được sử dụng nhiều nhất, thường là PK
Làm cách nào để bật lập chỉ mục cho một thư mục?
Nhưng tóm lại, để mở các tùy chọn lập chỉ mục, hãy nhấn Bắt đầu, nhập “lập chỉ mục”, sau đó nhấp vào “Tùy chọn lập chỉ mục”. Trong cửa sổ “Tùy chọn lập chỉ mục”, hãy nhấp vào nút “Sửa đổi”. Và sau đó sử dụng cửa sổ “IndexedLocations” để chọn thư mục bạn muốn đưa vào chỉ mục
Mục đích của dấu phân cách trong tệp văn bản tên hai dấu phân cách tệp văn bản phổ biến là gì?
Tệp văn bản được phân tách là tệp văn bản được sử dụng để lưu trữ dữ liệu, trong đó mỗi dòng đại diện cho một cuốn sách, công ty hoặc thứ khác và mỗi dòng có các trường được phân tách bằng dấu phân cách
Chỉ mục và tạo chỉ mục trong SQL là gì?
Câu lệnh SQL CREATE INDEX. Câu lệnh CREATE INDEX được sử dụng để tạo chỉ mục trong bảng. Các chỉ mục được sử dụng để lấy dữ liệu từ cơ sở dữ liệu nhanh hơn so với cách khác. Lưu ý: Cập nhật bảng có chỉ mục mất nhiều thời gian hơn cập nhật bảng không có chỉ mục (vì chỉ mục cũng cần cập nhật)
Sự khác biệt giữa chỉ mục phân cụm và chỉ mục phụ là gì?
Chỉ mục chính: trong một tệp có thứ tự tuần tự, chỉ mục có khóa tìm kiếm chỉ định thứ tự tuần tự của tệp. Còn được gọi là chỉ mục phân cụm. Chỉ mục phụ: chỉ mục có khóa tìm kiếm chỉ định một thứ tự khác với thứ tự tuần tự của tệp. Còn được gọi là chỉ mục không phân cụm